Когда к власти пришёл Андропов, он начал борьбу с коррупцией в стране. Андроповские репрессии носили демонстративный характер и работали против тех, кто обеспечивал эффективную работу системы. Дело Амбарцумяна, по мнению многих историков, было показательным. По большому счету, это был заказ Андропова, который хотел укрепить власть , показать всем, что он не Брежнев, при котором наказания никто не боялся. Во время андроповских чисток в торговле Москвы Амбарцумян был задержан по обвинению в хищении государственной собственности и даче взяток должностным лицам. Кроме него было взято под стражу ещё 15 работников учреждений «Главмосплодоовощпрома», связанных, по мнению следствия, прочными криминальными связями с Мхитаром Амбарцумяном. На первом допросе он честно рассказал про систему овощной торговли в столице, признал вину в получении и раздаче взяток и следователь даже стал ему сочувствовать. Мхитар Адамович совсем не был похож на наглого вора и человека без совести. Большая доля неучтенной наличности, которую он зарабатывал с директорами овощных магазинов, уходила на взятки тем, от кого зависела стабильная работа базы и выполнение плана.
Суд состоялся в 1985 году. Все подсудимые были приговорены к длительным срокам лишения свободы (от 12 до 15 лет в колонии строгого режима), а сам Мхитар Адамович — к высшей мере наказания.
Суд в год 40-летия Победы над фашистской Германией не учёл ни чистосердечное признание, ни работу со следствием, ни раскаяние и добровольную сдачу всех ценностей, ни участие в Великой Отечественной войне. В период заключения в камере смертников, Мхитар Адамович был лишен свиданий или письменного общения с семьей и близкими. Он также был лишен всех наград и орденов, а о смягчении приговора просил весь любивший его коллектив Дзержинской овощебазы, ветераны Великой Отечественной войны, односельчане и все члены семьи. Сам он написал ходатайство председательству президиума верховного совета РСФСР, в котором раскаивался и просил смягчения приговора. Однако суд ходатайство отклонил. Все имущество Амбарцумяна было конфисковано - мебель, ордена и даже обои. Его жена и дети оказались в тяжелом финансовом положении, а в СМИ была развернута травля.
8 ноября 1986 года приговор был приведен в исполнение.
