Мхитар Адамович был расстрелян за коммерческую схему, которая не соответствовала идеологии. В капиталистическом обществе это называется бизнесом, а тогда это было коррупцией и уголовным преступлением. Его деятельность приносила больше пользы обществу, чем вреда - благодаря ему на полках магазинов появлялись свежие и качественные овощи и фрукты, а не дефицитная гниль, которая встречалась повсюду. Двигал им не эгоизм, как минимум потому что все деньги оставались в конторе, а сам жил он довольно скромно. Однако из-за политической борьбы и идеологических принципов Мхитар Адамович был приговорен к казни. Приговор, даже по рамкам того времени, был несоизмеримо жесток. Возможно потому, что в ходе работы со следствием Мхитар Адамович рассказал о коррупционных схемах, которые шли к самым верхам, и такая информация могла быть опасной для правительства. По этой же причине ему не дали связаться с семьей. Другая версия заключается в том, что дело было показательным, из-за чего Мхитар Адамович был казнен, несмотря на смягчающие обстоятельства.

К сожалению, в соответствии с законодательством, тело Мхитар Адамовича не было передано родственникам для захоронения. До сих пор не установлено место и способ захоронения. Близким людям в День памяти и в День Победы, для которого Мхитар Адамович Амбарцумян внес свой вклад, некуда принести цветы.